В сети был опубликован новый дневник разработчиков проекта Prototype 2 под названием "Hunt. Kill. Become.", в котором рассказывается об охоте и системе мутаций. Так как Джеймс Хэллер оказывается в городе, где за ним охотятся полиция, военные, Gentek и Blackwatch, проводить расследования придется в одиночку. Неоценимой помощью в этом станут знания некоторых людей, которые можно получить, поглотив их. Но изначально нужно выследить цель, для чего разработчиками был создан специальный режим охоты. Создатели очень долго думали, как сделать его не похожим на стандартное маркирование цели на карте, что привело к появлению способности анализа местности. Лучше всего это умение применять, находясь на высоком здании – найдя цель можно совершить головокружительный прыжок с небоскреба на ничего не подозревающую жертву.
Поглощая людей, главный герой Prototype 2 сможет получить доступ к их знанием, а так как некоторые люди имеют доступ к секретной информации, получить ее после этого сможет и Джеймс. Основным источником информации станут специальные грузовики подразделений Blackwatch, но, чтобы получить доступ к зашифрованным данным, придется раздобыть коды ранее описанным методом.
Развиваясь, Хэллер будет получать мутации. Это постоянно действующие улучшения, позволяющие совершать ранее недоступные маневры. Например, можно увеличить высоту прыжка или сделать кожу главного героя пуленепробиваемой. Объединяясь, мутации становятся еще сильнее, открывая игроку новые возможности.