Кроме однопользовательского режима, в Mass Effect: Andromeda есть мультиплеер, где игроки могут объединять усилия в особых операциях, помогающих развитию проекта по колонизации Андромеды. В нем ежедневно обновляется выбор миссий, а периодически там можно найти особые сюжетные задания. В одном из них нужно расследовать потенциальную угрозу со стороны кеттов.
Вместе с заданием к отряду APEX присоединяется могущественная кроган, а в магазине можно найти особое оружие Ruzad Shotgun.
Доступ к миссиям APEX осуществляется как из главного меню игры, так и с любого терминала APEX, будь вы на борту «Бури» или посещаете «Нексус».