Как и в большинстве современных ММОРПГ играх, в City of Transformers Online будет довольно большое количество инстансов. Все они поделены на уровни в зависимости от обитающих там монстров, и большая их часть представлена в нескольких вариантах, рассчитанных для персонажей разного уровня прокачки. Посещать инстансы рекомендуется в компании с другими пользователями, так как одиночное прохождение может быть слишком сложным.
Тюрьма Вольного города
Место заключения самых опасных преступников горит – силы Самас делают все для освобождения узников, пока войска Альянса пытаются взять под контроль происходящее. Если заключенные смогу сбежать, в округе начнется хаос.
Подземная лаборатория
Огромное сооружение под Вольным городом, обнаруженное во время проведения строительных работ. В лаборатории проводились эксперименты по объединению ДНК и различных механизмов. Из-за того, что какое-то исследование пошло не так, комплекс был законсервирован, однако внутри продолжали происходить странные вещи, а игрокам предстоит разобраться во всем этом.
Зернохранилище
Еда – один из главных стратегических ресурсов Альянса, а припасов в этом зернохранилище хватит на тысячи граждан Альянса. Сейчас этот объект захвачен силами Самас и надо быстро отбить объект, чем и займутся игроки.
Руины Квинтессонов
Это место является мрачным ущельем с древними руинами, которые окружены глубоким рвом. Квинтессон выбрал это злобное место для воплощения не менее злобных планов, а если ему не помешать, то погибнут тысячи невинных. Значит, остановить его нужно любой ценой, а займутся этим игроки.
Дальний завод
Находится в Эко-долине и последнее время занимался производством высокотехнологического оборудования для сельского хозяйства. Теперь его захватили силы Самас и если не вернуть контроль над заводом Альянсу, стратегическое преимущество может быть утеряно.
Центр Проекта «Одарённые»
Это место является домом для всех Одарённых, проходящих обучение. Именно тут хранится таинственная Искра Стилклоу, однако теперь сюда напали силы Самас. Нужно отбить атаку любой ценой, чтобы реликвия не попала в руки врага.
Мир сновидений
Мир, похожий на рай – его создала парочка влюбленных, войдя в Реку Любви. Любой человек мог найти свое счастье в этом месте, однако теперь его населяют злобные демоны царства Кошмара. Игрокам предстоит отправиться туда и вернуть месту былую доброту – для этого нужно изгнать всех демонов и сделать это так, чтобы им никогда не захотелось возвращаться обратно.
Ниобиевая шахта
Для производства брони трансформеров используется очень важный материал – ниобий. Поэтому этот ресурс нужен как Альянсу, так и его врагам. Данная шахта – самое крупное место по его добыче и поэтому бои тут не заканчиваются никогда. Всегда слышны звуки скрежета боевых машин и рев чудовищ, прирученных Самас для попытки победить в этой бесконечной войне.
Фабрика «Тандер Индастриал»
Это место является крупнейшим комплексом Альянса по производству различной техники. Теперь же место захвачено силами Самас и там производятся военные механизмы для армии под названием «Безмолвный Легион».