Разработчики Ghost Recon Online ввели поддержку системы кланов, детальнее о чем рассказывается в небольшом видео. Нововведение является частью патча 0.9.0 и позволяет пользователям создавать кланы, управлять ними и приглашать в их состав друзей. Для того чтобы выделить свою принадлежность в матчах, используется эмблема клана.