Про Цербер говорили же во второй части, что их несколько ячеек и каждой руководит отдельный человек. Не факт, что против нас будет именно "Призрак". После прохождения второй части полностью, нужно поболтать с СУЗИ, она расскажет всё, чего не могла сказать в течении всей игры, так как была заблокирована.
А если "Призраку" отдать станцию и правильно провести диалог, то он предложит не разрывать контакта и дальше сотрудничать, типа мы еще друг другу пригодимся.
Так что возможно он нам еще и помогать в третьей части будет.