Тысяча лет прошло со времен событий первой части Final Fantasy: Crytal Chronicles. Разрушение Кристалла Юке (Yuke Crystal) во время Великой Войны принесло процветание племени Лилти (Lilty Tribe), исчезновение побежденного племени Юке (Yuke Tribe), и стало началом научной эры. В новой эре появились очень могучие существа, которых называют «носители кристалла» (crystal bearers). Магические способности этих существ были настолько сильны, что их боялись и презирали.
Молодой наемник по имени Лайл (Layle) является одним из носителей кристалла. Его наняли эскортировать новый пассажирский корабль Алексис, вершину технологического прогресса Лилти и символ их доминирования в мире. Во время полета, на корабль нападает полчище монстров и Лайлу приходиться лицом к лицу столкнуться с противником, которого все считали стертым с истории. Теперь главному герою придется остановить надвигающуюся угрозу, которая может уничтожить весь мир.
